Cerita dihidupkan melalui peran Hypatia (Rachel Weisz) yang mengabdikan hidupnya untuk ilmu pengetahuan. Ia berusaha keras ingin memecahkan misteri bagaimana sebenarnya posisi matahari dan bumi. Namun, prinsipnya yang begitu memuja ilmu pengetahuan dan tidak sejalan dengan kaum Kristiani membawanya ke dalam situasi marabahaya. Bahkan posisinya, sebagai wanita yang dikasihi Orestes(Oscar Isaac), tokoh politisi yang berpengaruh di kota Agora, tak dapat menolong Hypatia keluar dari situasi tersebut. Bagaimanakah akhir perjalanan hidup Hypatia? Berhasilkah ia menemukan misteri alam tersebut?
'Agora' merupakan film kolosal produksi Spanyol dengan anggaran terbesar mencapai US$ 70 juta. Anggaran besar ini karena produser harus membangun set kota Agora yang megah di Kepulauan Malta.
Rachel Weisz berhasil menghidupkan peran Hypatia sebagai tokoh wanita ahli matematika dan astronomi yang berpengaruh terhadap ilmu pengetahuan kita. Walaupun sebenarnya sangat sulit mendapatkan sejarah mengenai Hypatia, namun di tangan sutradara handal Alejandro Amenabar (yang juga menulis skenario), 'Agora' seakan-akan mampu menghidupkan kisah sejarah yang sudah lama berlalu.